پس از مرگ پدر و مادر سانی، ویولت و کلاوس، سرپرستی آن ها به Count Olaf یکی از خویشاوندان آن ها می رسد. مردی شرور که در پی ثروت بچه ها است او با اصرار عجیبی بر قانونی بودن تصرف ثروت آن ها در پی ازدواج با ویولت است، کسی که در پایان 18 سالگی به ثروت هنگفتی خواهد رسید...

داستان فیلم در گذشته دور رخ می دهد. در این دوران گریگوری معروف به شبح (جف بریجز) از آخرین بازماندگان نسلی است که سرزمینشان را از شر ساحره ها و معروف ترین آنها یعنی مادر مالکین (جولیان مور) نجات داده است. اما به تازگی مالکین موفق شده خود را از اسارت آزاد کند و گریگوری هم در شرایط حال، قادر نیست مانند گذشته از سرزمینش به خوبی محافظت کند و نیاز به تربیت یک شاگرد برای جایگزین کردن خودش بیش از پیش احساس می شود. به همین منظور وی شاگردی به نام تام وارد ( بن بارنز ) را به شاگردی می پذیرد اما...

در خطرناک‌ترین ندامتگاه فوق امنیتی جهان، محل زندگی خائن‌ترین جنایتکاران، تنش‌ها در میان زندانیان و کارکنان تشدید شده و منجر به هرج و مرج می‌شود. این هرج و مرج زندان را فرا گرفته و نظم را به کلی از بین می برد.