اعضای سازمان نهان‌جاندارشناسی «مونارک» با تنش و درگیری میان هیولاهای غول‌پیکر (کایجوها) مواجه می‌شوند، از جمله گودزیلای قدرتمند که با ماترا، رودان، و حریف نهایی‌اش، گیدورا شاه سه سر روبرو می‌شود.

جیک سالی سرباز فلج نیروی دریایی به ماموریتی در پاندورا، قمر یکی از سیارات دوردست میرود. او در میابد که که انسان‌ها قصد دارند موجودات شبه انسان پاندورا بنام «ناوی» را نابود کنند تا منابع با ارزش آن‌ها که در جنگل‌هایشان نهفته است، را بدست آورند. جیک با یک هویت «آواتار» به داخل مردم ناوی نفوذ می کند، و از طرفی هم به سرهنگ کوارتیچ قول می دهد با ارتش همکاری کند.

زن و شوهری که به تازگی نوزاد خود را از دست داده اند، دختر 9 ساله ای را به فرزندی می پذیرند, اما دختر آنقدرها هم که به نظر میرسد معصوم و بی گناه نیست.

دختری نوجوان و معمولی اهل شهر نیویورک به نام کلاری فری ( لیلی کالینز ) پس از اینکه مادرش بطور ناگهانی مفقود می شود، متوجه حقیتی درباره خود می شود و آن اینکه وی در اصل نه یک انسان، بلکه عضو گروه جنگجویان نیمه انسان – فرشته هست که همواره در حال مبارزه با پلیدی ها به منظور دفاع از دنیا هستند. حال کلاری باید به این گروه از فرشته ها ملحق شود و به منطقه ای به نام « دنیای زیرزمینی » برود و با پلیدی ها مبارزه کند و...