داستان خرس کوچولویی که برای پیدا کردن خانه‌ای عازم شهر لندن می شود، اما در این شهر گم می شود. در همین حال خانواده ای انگلیسی این خرس بی پناه اهل پرو را پیدا می کنند و نام ایستگاهی که او را در آن پیدا کردند را بر روی او قرار می دهند و از او می خواهند به آنها ملحق شود تا وضعیتش سر و سامان بگیرد.

پدینگتون که توانسته پس از گذراندن ماجراهای قسمت اول در خانواده‌ی براون جایگاهی برای خود دست و پا کند ، اکنون در تلاش است با انجام دادن شغل‌های مختلف , پولی پس‌انداز کند و هدیه‌ای ویژه برای تولد 100 سالگی عمه‌اش بخرد.

در مصیبت یکی از بزرگترین فجایع زیست محیطی تاریخ بشریت، یعنی سونامی اقیانوس هند، خانواده ای در میان ده ها هزار غریبه گیر افتاده و یکدیگر را گم کرده اند...

پدینگتون در این قسمت به پرو می‌رود تا خاله لوسی‌اش که در خانه خرس‌های بازنشسته به همراه خانواده براون زندگی می‌کند را ببیند، اما...