چهار حیوان که دیگر از بودن در باغ وحش خسته شده‌اند، تصمیم به فرار می گیرند و به طور ناخواسته با چهار پنگوئن همراه میشوند. بعد از گذراندن ماجراهایی، آن‌ها خود را در ماداگاسکار می یابند.

حیوانات قصد دارند به باغ وحش نیویورک بازگردند، اما با سقوط هواپیما در طبیعت وحشی آفریقا، آن‌ها با حیواناتی از نوع خودشان آشنا میشوند، و الکس والدینش را ملاقات میکند.

پس از پر شدن باتلاقش از موجودات جادویی، یک غول موافقت می کند که یک شاهزاده خانم را نجات دهد و زمین خود را پس بگیرد.

این انیمیشن داستان زندگی شخصیت گربه ی شمشیرزن سری انیمیشن های «شرک» را به تصویر می کشد. ماجراهایی که نهایتا او را به سمت شرک و دوستانش هدایت می کند.