زمانی که بازماندگان زمین دیگر قدرت مقابله با گودزیلا و دیگر هیولاها را ندارند ، مجبور می‌شوند برای ادامه‌ی زندگی خود به سیاره‌ای دیگر سفر کنند. اما مشکل اینجاست زمانی که آنها به آنجا می‌رسند متوجه می‌شوند اکوسیستم این سیاره برای زندگی مناسب نیست. در این بین ، هارو شخصیت اصلی داستان از بازماندگان می‌خواهد به زمین برگردند و برای به دست آوردن دوباره‌ی آن بجنگند و…

داستان در مورد شخصی با نام ” یاتو ” است که یک خدای کوچک در میان ژاپنی هاست و خود را خدمتگذار مردم میخواند و میخواهد روزی میلیون ها انسان به فرقه ی او روی آورند با اینکه او حتی معبدی نیز برای خود ندارد. او روزگارش را با شرخری برای پنج ین میگذارند تا برای سلاح انسان مانندش و خودش لقمه ای نان فراهم کند. وقتی که روزگار یاتو با تیرگی در حال سپری شدن است ، دست سرنوشت اورا سمت دختری دبیرستانی به اسم ” هیوری ایکی ” میکشاند که یاتو را از تصادف نجات میدهد و خودش به جای او با ماشین برخورد میکند. هیوری زنده میماند ولی تصادف باعث شده که روحش ناپایدار باشد و از بدنش خارج شود …

بشریت، دشمنان بیگانه و گودزیلا وارد آخرین بازی‌شان می‌شوند.

داستان انیمه به صدها سال قبل باز می‌گردد. جایی که انسان‌ها بدست تایتان‌ها کشته می‌شدند اما عده اندکی از آن‌ها موفق شدند در شهری با دیوارهای بسیار بلند (حتی بلندتر از بزرگترین تایتان‌ها) پناه بگیرند و جان سالم بدر ببرند. صد سال به همین منوال می‌گذرد تا اینکه...