نبرد ناامیدانه بشریت برای پس گرفتن زمین از گودزیلا ادامه دارد. کلید شکست دادن پادشاه هیولاها ممکن است Mechagodzilla باشد، سلاحی رباتیک که تصور می شود نزدیک به 20 هزار سال پیش از بین رفته باشد.

زمانی که بازماندگان زمین دیگر قدرت مقابله با گودزیلا و دیگر هیولاها را ندارند ، مجبور می‌شوند برای ادامه‌ی زندگی خود به سیاره‌ای دیگر سفر کنند. اما مشکل اینجاست زمانی که آنها به آنجا می‌رسند متوجه می‌شوند اکوسیستم این سیاره برای زندگی مناسب نیست. در این بین ، هارو شخصیت اصلی داستان از بازماندگان می‌خواهد به زمین برگردند و برای به دست آوردن دوباره‌ی آن بجنگند و…

تانجیرو کامادو، به همراه اینوسوکه هاشیبیرا، پسری که توسط گرازها بزرگ شده و سر گراز بر سرخود می گذارد و زنیتسو آگاتسوما، پسری ترسو که قدرت واقعی ش هنگام خواب نمایان می شود, در قطار ابدیت عازم ماموریتی جدید هستند.

بشریت، دشمنان بیگانه و گودزیلا وارد آخرین بازی‌شان می‌شوند.