داستان لوله کشی به نام ماریو که به همراه برادرش لوئیجی در یک هزارتوی زیرزمینی سفر می کنند و سعی می کنند شاهزاده خانم اسیر شده را نجات دهند.

داستان از آنجایی شروع می‌شود که طی حادثه‌ای شرور‌های دو جهان به نیروهای اهریمنی ملحق می‌شوند و اکنون دو تیم تایتان‌ها را در مقابل یک‌دیگر قرار میگیرند...

ماریو و لوئیجی که نقشه‌ی قبلی باوزر برای ازدواج با پرنسس پیچ را خنثی کرده‌اند، حالا با تهدید جدیدی از سوی باوزر جونیور روبرو می‌شوند که مصمم است پدرش را از اسارت آزاد کند و میراث خانوادگی‌شان را احیا نماید. این دو برادر به همراه دوستان جدید و قدیمی خود، به سرتاسر کهکشان‌ها سفر می‌کنند تا جلوی این وارث جوان و لشکرکشی‌اش را بگیرند.