نبرد ناامیدانه بشریت برای پس گرفتن زمین از گودزیلا ادامه دارد. کلید شکست دادن پادشاه هیولاها ممکن است Mechagodzilla باشد، سلاحی رباتیک که تصور می شود نزدیک به 20 هزار سال پیش از بین رفته باشد.

زمانی که بازماندگان زمین دیگر قدرت مقابله با گودزیلا و دیگر هیولاها را ندارند ، مجبور می‌شوند برای ادامه‌ی زندگی خود به سیاره‌ای دیگر سفر کنند. اما مشکل اینجاست زمانی که آنها به آنجا می‌رسند متوجه می‌شوند اکوسیستم این سیاره برای زندگی مناسب نیست. در این بین ، هارو شخصیت اصلی داستان از بازماندگان می‌خواهد به زمین برگردند و برای به دست آوردن دوباره‌ی آن بجنگند و…

بشریت، دشمنان بیگانه و گودزیلا وارد آخرین بازی‌شان می‌شوند.

"لایت یاگامی"، مرد جوانی که از جرم و بزهکاری بیزار است، تصادفاً دفتری پیدا می‌کند که رویش نوشته‌شده "دفتر مرگ" (Death Note). در صفحهٔ اول دفتر توضیح داده‌شده که اگر نام شخصی در دفتر نوشته‌ شود و نویسنده در همان‌حال چهره شخص را در ذهنش مجسم کند، آن شخص پس از ۴۰ ثانیه خواهد مُرد. "لایت" در صدد استفاده از دفتر بر می‌آید…

یک گروهک تروریستی با انتشار سمی که باعث می شود توانایی افراد از کنترل خارج شود، یک شهر را به آشوب کشیده خراب می کنند. در این میان بزرگترین قهرمانان ژاپن در تلاش برای یافتن مغز متفکر این گروهگ و محاکمه او در سراسر جهان پخش می شوند.