وقتی دارویی برای درمان ژن های حهش یافته پیدا می شود , انسان‌های جهش یافته به دو گروه تقسیم می شوند: «مردان ایکس»، که توسط پروفسور چارلز ژاویر رهبری می شود، و «برادری»، گروهی از جهش یافتگان قدرتمند که «مغناطیس»، دوست سابق پروفسور ژاویر در راس آن‌ها قرار دارد.

اونتاریو. «فیونا» (کریستی) و «گرانت» (پینست) پس از چهل و چهار سال زندگی مشترک حالا باید از یک دیگر جدا شود. چرا که «فیونا» دچار آلزایمر شده و باید به آسایشگاه سپرده شود. پس از یک قرنطینه ی سی روزه، وقتی «گرانت» به عیادت «فیونا» می رود از وضعیت او جا می خورد: «فیونا» نه فقط او را به جا نمی آورد بلکه علاقه و محبت خود را معطوف ساخته به بیمار دیگری (مورفی) که روی صندلی چرخدار است....

مردی بدذات و عجیب و غریب، مشهور به «پنگوئن» (دنی دویتو)، به کمک یک تاجر فاسد بنام «مکس شرک» (کریستفر واکن) قرار است کنترل شهر گاتهام را در دست بگیرد. «بتمن»‌ تنها کسی است که می تواند جلوی آن دو را بگیرد، گرچه «زن گربه ای» (میشل فیفر) نیز راه و روش خود را برای مقابله با آن ها دارد...