هشت سال پس از حوادث پارک ژوراسیک، دکتر «آلن گرانت» به زندگی عادی خودش پرداخته و بدور از هر دایناسور زنده ای مشغول انجام تحقیقات روی فسیلهای دایناسورها است. اما متاسفانه کمبود پول برای تحقیقات باعث می شود که پیشنهاد یک بازرگان ثروتمند به نام «پائول کربی» را برای انجام یک پرواز کوتاه روی جزیره سورنا که دومین مرکز تحقیقاتی روی دایناسورها است را بپذیرد. چیزی که دکتر گرانت نمی داند اینست که کربی نیاز به کمک یک متخصص دایناسورها دارد تا به او و همسرش کمک کند که پسر ۱۴ ساله شان اریک را که با پاراگرایدل در جزیره سقوط کرده نجات دهند.

«مالکوم کرپو» (بروس ویلیس) روان شناس کودک، در شبی که در یک مراسم جایزه‌ای را دریافت کرده، یکی از بیماران سابقش که اکنون بسیار خشمگین است را ملاقات می کند. بعد از برخورد با او، مالکوم مداوای پسربچه‌ای بنام «کول» را قبول می کند که دقیقا همان علائم بیمار سابقش را دارد. این پسربچه روح مردگان را می بیند. مالکوم وقت زیادی را با بیمار جدیدش می گذراند، بطوری که این امر باعث ناراحتی همسرش می شود. از طرفی طاقت مادر کول از این مشکلات پسرش به سر آمده و اکنون مالکوم تنها امید کول است.