پسر بچه ای بنام "تیم" در خانواده ای زندگی می کند که همه به او عشق می ورزند و این مسئله زمانی بهم می خورد که خانواده اش پسر بچه ای کت و شلواری را برای بازی کردن با او به خانه شان می آورند و "تیم" زمانی که می بیند دوست جدیدش نظر همه را جلب کرده قصد دارد تا با او وارد رقابتی سخت شود و ...

چهار حیوان که دیگر از بودن در باغ وحش خسته شده‌اند، تصمیم به فرار می گیرند و به طور ناخواسته با چهار پنگوئن همراه میشوند. بعد از گذراندن ماجراهایی، آن‌ها خود را در ماداگاسکار می یابند.

حیوانات قصد دارند به باغ وحش نیویورک بازگردند، اما با سقوط هواپیما در طبیعت وحشی آفریقا، آن‌ها با حیواناتی از نوع خودشان آشنا میشوند، و الکس والدینش را ملاقات میکند.

این انیمیشن داستان زندگی شخصیت گربه ی شمشیرزن سری انیمیشن های «شرک» را به تصویر می کشد. ماجراهایی که نهایتا او را به سمت شرک و دوستانش هدایت می کند.