پدینگتون که توانسته پس از گذراندن ماجراهای قسمت اول در خانواده‌ی براون جایگاهی برای خود دست و پا کند ، اکنون در تلاش است با انجام دادن شغل‌های مختلف , پولی پس‌انداز کند و هدیه‌ای ویژه برای تولد 100 سالگی عمه‌اش بخرد.

گروهی از بیگانگان با یک انسان در مورد قدرت انجام هرکاری مشورت میکنند.

داستان شخصیتی به اسم آتی که نوجوانی اهل شهر رم است و تصمیم دارد تا پادشاه این شهر یعنی "نرو" را با دسیسه های خود سرنگون سازد. پادشاه از نیات او با خبر میشود و او را برای کارکردن به مناطق سردسیر بریتانیا تبعید میکند.

مرد شنی پس از چندین دهه اسارت از چنگال یک جادوگر فرار می کند، حال او قصد دارد تجهیزات گمشده خود را پس بگیرد.

پدینگتون در این قسمت به پرو می‌رود تا خاله لوسی‌اش که در خانه خرس‌های بازنشسته به همراه خانواده براون زندگی می‌کند را ببیند، اما...

یک مامور سابق دولت مورد حمله قرار می‌گیرد و او و خانواده‌اش مجبور به فرار می‌شوند. او که در سراسر کشور تحت تعقیب است، از عزیزانش محافظت می‌کند و در عین حال با گذشته تاریک و دشمنان مرگبارش روبرو می‌شود و در نهایت در لاس وگاس با آنها روبرو می‌شود...