داستان گروه "ایکس" که مامور می شوند تا یک شی عرفانی قدرتمند را که مورد هدف افراد شرور دیگری قرار گرفته است، پس گیرند.

موجود فضایی بیگانه ای به نام «ئی.تی.» از سفینه ی فضایی اش که در جنگلی در حومه ی لس آنجلس فرود آمده، جا می ماند و در حیاط خلوت خانه ای پناه می گیرد که در آن «الیوت» ده ساله زندگی می کند. خیلی زود «الیوت»، «ئی. تی.» را می بیند و دوستی و اعتمادش را جلب می کند.

در این فیلم که روایت متفاوتی از داستان مرد عنکبوتی است، «پیتر پارکر» ( اندرو گارفیلد ) مدارکی را بدست می آورد که ممکن است به کمک آن ها بتواند دریابد که پدر و مادرش چگونه در زمان کودکی او ناپدید شده اند. او در همین راه با دکتر «کرت کانرز»، که شریک سابق پدرش بوده،‌ آشنا می شود...