توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد.

گروهی از محققان و افسران پلیس برای بررسی منطقه ای دورافتاده واقع در کلرادو مامور میشوند تا بررسی کنند که چه اندازه اخبار منتشر شده درباره به قتل رسیدن گروهی از جوانان که گفته میشود توسط موجودی به اسم پاگنده کشته شده اند صحت دارد.